Sowieci weszli do Lwowa 22 września 1939 r. i od tego momentu źródła milkną. Nie ma wpisów w Liber consiliorum (księdze rad klasztoru), nikt nie prowadzi kroniki – czarna dziura. Na szczęście po wkroczeniu Niemców w czerwcu 1941 r. powstają pamiętniki, próby odtworzenia zapisu czasu armaggedonu, jakim była radziecka okupacja.

Jedną z nich są umieszczone w kronice klasztoru wspomnienia o. Gundysława Junika, który w tamtym czasie został przeorem i p.o. prowincjała na ziemie pod okupacją sowietów. Kiedy się je poczyta i uzupełni o późniejsze notatki innych braci i ojców, wyłania się z tego obraz, który najlepiej określa przymiotnik „psychodeliczny”. To nie tylko rzezie i pożary, widok płaczących kobiet i dzieci – to ponury koszmar niszczący zarówno ciało, psychikę, jak i ducha. Więzienie bez krat, które może wrosnąć w człowieka i zabić jego człowieczeństwo od środka.

We Lwowie ojców wyrzucono z cel i zakwaterowano tam sprowadzonych z głębi Rosji pracowników płci obojga. Ojciec Junik z zadziwieniem przemieszanym z trwogą opisuje zniszczenia w budynku, jakich dokonują nasiedleńcy, najczęściej podczas burd po pijanemu, ale nie tylko. Pisze po kilku latach a wciąż trwa w stuporze zadziwienia: „Niszczyli wyposażenie łazienek i wybijali tam okna. A przecież to oni korzystali teraz z tych toalet, więc potem musieli załatwiać się na mrozie!”.

Dominikanów przerzucano z miejsca na miejsce w obrębie budynku, narzucono im olbrzymi podatek, który nieustannie rósł i nigdy nie było wiadomo, o ile urośnie. Ponieważ utracili folwarki, jedynym źródłem ich utrzymania były msze i dochód z tego, co udało im się sprzedać. Dużo pomogli im świeccy, którzy oddawali swoje oszczędności, byle bracia mogli pozostać właścicielami budynku. Ta zabawa w kota i myszkę służyła jedynie prześladowaniu dominikanów, w końcu gdyby wojsko chciało zarekwirować budynek, to by to po prostu zrobiło. Ale przyjemniej było zmusić do jego oddania a przy okazji jeszcze wydoić materialnie…

Do klasztoru zwieziono też księgozbiory i archiwa z budynków, które sowieci opróżniali dla wojska. Złożono je w części prowadzącej na sygnaturkę i to zresztą uratowało dwukrotnie dominikanom życie. Dwa razy do ich klasztoru wpadło wojsko, braci postawiło pod ścianami, grożąc rozstrzelaniem za to, że podobno z wieży ich kościoła ktoś strzelał. Na szczęście w obu przypadkach wystarczyło to, że na zabezpieczeniach na drzwiach prowadzących na wieżę była pieczęć NKWD – nawet wojskowi się jej bali. Ale co bracia napatrzyli się w oczy śmierci i nasłuchali bluzgów, to ich.

W klasztorze zapanował głód, ojcowie jeszcze jakoś sobie radzili, bracia konwersi byli na granicy przeżycia. Najbardziej wrażliwym punktem domu stała się spiżarnia, której prokurator musiał bronić jak niepodległości. Najbogatszy klasztor polskiej prowincji popadł w nędzę.

Wyposażenie zakrystii i dobra ruchome klasztoru rozdano przed wkroczeniem sowietów wśród świeckich, ale i tak część z tych depozytów nie wróciła nigdy w ręce właścicieli. Po części z tego względu, że świeckich wywieziono w głąb Rosji a ich majątki zarekwirowano, po części dlatego że ojcowie zapomnieli, co komu dali, a zapisywanie takich kwestii było bardzo ryzykowne, zaś nie wszyscy, którzy wzięli takie depozyty, byli na tyle uczciwi, by je później oddać.

Braci wzywano na NKWD, aresztowano, o. Czesław już w więzieniu pozostał i oficjalnie został wywieziony do lagru, nieoficjalnie nie wiadomo, co się z nim stało. Wszystko dlatego, że postawił się politrukowi. Bo dominikanie mieli jeszcze raz w tygodniu spotkanie [de]formacyjne z oficerem politbiura. Reedukacja, czyli słuchanie przez godzinę lub więcej o marksizmie itp.

Lwowskich dominikanów ominęły jeszcze inne atrakcje, typu darcie ich habitów i wycieranie butów ornatami, co opisuje o. Janocha z Tarnopola. W świetle tych historii nie dziwi napisane przez niego we wspomnieniach zdanie: „W czerwcu 1941 roku przyszli Niemcy i wyzwolili [podkr. EW] nas z piekła”.

Całą tę historię podsumowuje krótka notatka pod koniec wspomnień o. Junika: „Klasztor żadnych kapitałów nie zebrał, ale długów też nie mamy. Żyjemy ze stypendiów mszalnych i Bożej opatrzności”. Znak, że w całej też psychodelii Bóg o nich jednak nieustannie pamiętał. Jak zaznacza o. Gundysław, także dzięki opiece Maryi i św. Jacka, których ojcowie nieustannie prosili o modlitwę.